在危起伟、张振华等专家看来，保护区面临的困境主要在于地方发展与生态保护还不相协调，法律执行有困难，存在执法主体不明、执法力度不够等问题。

　　目前国内的《水生野生动物保护实施条例》之所以形同虚设，说明地方经济发展模式转变还有困难，专家建议，在长江“不搞大开发，要搞打保护”的中央精神下，加强落实相关生态保护法规政策，同时调整考核指挥棒，加快沿江城市经济转型。

　　首先处理好发展与保护的关系。王丁等专家认为，对于江豚保护，要加大宣传力度，尤其是转变地方发展理念，从思想上缓解矛盾。同时匹配生态补偿政策，由地方政府负责理顺环境和经济矛盾关系。有条件的情况下，适度地引入生态旅游，带动地方经济发展，协调环境和经济利益。

　　张振华说，相关法律一定要得到严格落实，否则责权利关系依然理不顺。严格执法还需进一步明确执法主体。危起伟提出，希望人们都能明白，自然生态系统中的水生生物不仅仅是桌上的一盘鱼，而关系到整个生态的安危。

　　其次，解决保护区内部发展问题，还需国家加大对生态保护资金和政策投入。一方面希望配备现代化远程监控设施，加快建设上游提水泵站等；设立隔离装置，增加相关法律宣传标识等。

　　另一方面，增加编制，吸引专业人才。张振华说，保护区比较偏远，工作生活条件艰苦，硕士有编制才愿意来，博士根本不愿意来。“保护区急需救护队，但是现在的技术人员多是搞养殖出身，哪有人会救护？”