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码报:【j2开奖】深度 | 用深度学习对抗癌症:从分子层面研究到大规模人口建模

时间:2016-12-28 00:35来源:118图库 作者:j2开奖直播 点击:
Rick Stevens 表示,首个先进癌症计算解决方案的联合设计(Joint Design of Advanced Computing Solutions for Cancer,JDACS4C)「成果」将于 2017 年第二季度的某个时间公开。JDACS4C 一共有三个试点项目

Rick Stevens 表示,首个先进癌症计算解决方案的联合设计(Joint Design of Advanced Computing Solutions for Cancer,JDACS4C)「成果」将于 2017 年第二季度的某个时间公开。JDACS4C 一共有三个试点项目,Rick 领导了其中之一,将深度学习(DL)应用到癌症治疗中去。这些项目不仅可以推进癌症研究和治疗,而且可以提高深度学习的能力和基础架构,最终着眼于百亿亿次计算机的研究,DOE 将对这些项目提供部分的资金支持。

无论以哪种标准,美国对抗癌症(U.S. War on Cancer)和 Precision Medicine Initiative(精准医学计划,PMI)都颇具野心。过去,对抗癌症一直没有很明显的进步,但也不是说没有取得很多成绩。

只是现在看来前景更为光明。生物医学的进步和下一代领先计算机的兴起(百亿亿次计算机的开发)推动着癌症治疗的发展。深度学习和数据驱动科学的快速发展,使许多人对前景报以乐观的态度,所以 2016 全球超级计算机大会重点关注精准医疗和 HPC 的作用就是偶然了。

三个 JDACS4C 试点项目,包括从分子层面到人口规模方面的诸多研究,以支持 CANcer 分布式学习环境项目(CANcer Distributed Learning Environment project):这些工作旨在洞察可扩展机器学习工具;通过深度学习、模拟和分析技术,减少治疗时间;为未来计算方案提供信息。也希望能建立「有效利用日益增长的数据和与癌症相关数据的多样性来打造预测性模型,为接下来的癌症研究提供一个新的范式,更好地理解疾病并最终提供指导,支持基于个体预期治疗结果的决策,Rick 说。

这些都是远大的目标。因此想要总结出 JDACS4C 的准确谱系,确实有点麻烦,广义上来看,它属于 PMI,atv,美国国家癌症研究所的癌症登月计划,也集中在 美国国家战略计算计划(NSCI)之下。Stevens 指出,早在几年前就开始讨论创建这个大项目框架了,8 月拿到了第一笔资金。以下是三个试点项目的简介:

RAS 分子项目: 这个项目((Molecular Level Pilot for RAS Structure and Dynamics in Cellular Membranes)旨在开发新的计算方法,支持 RAS 计划下已经完成的研究,最终完善我们对癌症中的 RAS(基因家族)及其相关信号通路作用的理解,识别 RAS 蛋白膜信号复合物中独有的新治疗靶点。

临床前筛选: 该项目(Cellular Level Pilot for Predictive Modeling for Pre-clinical Screening)将开发「基于源自人源性肿瘤组织异种移植实验性生物数据的机器学习、大规模数据和预测模型」。旨在创建一个反馈回路,其中,实验模型指导计算模型的方案。这些预测模型可能给癌症治疗的指明了新目标,并帮助确定新的治疗方法。

人口模型:这个项目(Population Level Pilot for Population Information Integration, Analysis and Modeling))旨在建立一个可扩展的框架,能够高效提取、延展、整合及 构建癌症患者的病例信息。这样的一个「引擎」应用在医疗保健的许多方面(转移、成本控制、研究等),将会十分强大。

显而易见的是,这么复杂的工作需要很多组织的配合。国家癌症研究所的部门包括生物医学信息和信息技术中心(CBIIT),癌症治疗诊断部(DCTD),癌症控制和人口科学部(DCCPS)和弗雷德里克国家癌症研究实验室(Frederick National Laboratory for Cancer Research)。也有四个美国能源部国家实验室被正式分派从事这个项目,这四个实验室分别是阿贡国家实验室(Argonne National Laboratory)、橡树岭国家实验室(Oak Ridge National Laboratory)、劳伦斯利弗莫尔国家实验室(Lawrence Livermore National Laboratory)和洛斯阿拉莫斯国家实验室(Los Alamos National Laboratory)。

当所有的试验项目放在一起时,Stevens 指出,我们意识到每个项目都需要深度学习,而且需要它的各种不同用途。因此,我们的想法是,既要构建软件环境和网络拓扑,也要建造这三个项目所需的所有东西,所以我们不会复制。研究人员也定义了关键标准——与我们用来解决不同癌症子问题资源相匹配的、易于处理的深度学习问题。

  

码报:【j2开奖】深度 | 用深度学习对抗癌症:从分子层面研究到大规模人口建模

早期的第一步是吸引供应商参与,这充分地证明了 Stevens 所说的话,因为几乎所有的主要 HPC 供应商都在积极地加速深度学习路线图。大多数人认为 JDACS4C 试点项目是学习和完善的机会。Stevens 说,JDASC4C 已经与英特尔、Cray、NVIDIA、IBM 等公司达成了合作关系。

(责任编辑:本港台直播)
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